La leggenda più famosa e con più fondamento è l'Epsilon Program. L'E.P.(Epsilon Program) è una setta di carattere religioso, il cui signore è un umanoide di nome Kifflom dalle sembianze rettiliane(un argoniano di Skyrim per intenderci XD). Il gioco ci fornisce molti indizi sulla loro presenza. Ad esempio molto spesso i barbieri ci potrebbero dire frasi del tipo: "Che Kifflom sia con te" o simili. Oppure ne potremo sentir parlare alla radio, precisamente alla stazione wctr. Inoltre The Truth farà menzione di un dio-lucerola riferendosi proprio a Kifflom.

Le stranezze non terminano qui. Infatti sulla mappa, nella zona di Bone Country, ci saranno delle forme somiglianti alle macchie presenti sul viso di Kraff, un discendente di Kifflom. Tuttavia la Rockstar ha smentito l'esistenza nel gioco di Kifflom, ed infatti nessuno fino ad oggi è riuscito mai a vederlo.

Stando ad un'altra leggenda, nella campagna di Los Santos, in determinati luoghi, era possibile avvistare un bigfoot. Anche qui la Rockstar ha affermato che nel codice di San Andreas non era presente nessun bigfoot e che tutte le foto erano frutto di mod.